中国科学院大连化学物理研究所机构知识库
Advanced  
DICP OpenIR  > 中国科学院大连化学物理研究所  > 学位论文
学科主题: 生物化工
题名: 糖苷酶与糖基转移酶催化转糖反应的特征与机理研究
作者: 周坤
答辩日期: 2013-01-23
导师: 杨凌
专业: 生物化工
授予单位: 中国科学院研究生院
学位: 博士
摘要: 糖苷化合物的生物合成在合成领域中占有重要地位,然而目前报道的生物合成方法,无论是糖苷酶还是糖基转移酶,均无法实现效率与收益的双赢,因此寻找特异、有效的糖苷类化合物的合成工具,并对其催化特性与催化机制的研究成为生物转糖的一个重要方面。本文以生物转糖为研究对象,应用实验与计算结合的手段,进行了生物转糖酶的筛选及其与底物识别结合等性质研究。 基于所建立的快速有效的筛选方法,对来自海洋的样品进行了筛选,首次从中国黄海海域筛选得到1株具有高效转糖活性的菌株DL001。菌的形态学研究及16SrDNA序列分析表明,该菌为节杆菌。对转糖产物的结构鉴定表明该菌能以-1,4和-1,6方式向底物转糖。 采用四步柱层析联用的方法,从DL001菌的发酵液上清中分离得到具有转糖活性的糖苷酶AG-I。底物特异性分析表明该酶对水解底物和糖基供体的专一性高,但却能以葡萄糖苷、木糖苷和烷基醇作为糖基受体。其中该酶对pNP-糖苷化合物的转糖效率高达42-60%,并能进一步以转糖产物为受体继续发生糖基化反应,表明该酶可作为一个有效的生物合成工具用于工业合成。 我们以酵母来源的-糖苷酶和羟基香豆素类化合物为研究对象,组合应用对接方法、分子表面的静电势和轨道能分析等方法,来阐明-糖苷酶与其配体产生特异性结合的关键特征。结果表明,氢键、分子静电势和分子轨道能量等特征对配体与-糖苷酶特异性识别有重要作用,并且这些特征作为一种推动力促使配体以最优构象与受体-糖苷酶相互作用。 我们建立了一个糖基化位点的数据库,并基于此构建了一个基于先验概率的判别分析模型用于糖基化位点的预测。进一步的特征分析表明位置R1上的氨基酸性质及所有位点中与疏水性相关的氨基酸性质对糖基化影响较大,而糖基化位点C端的二级结构性质和N端的的物化性质对糖基化的影响也不可忽略。这个模型不仅为糖基化位点的预测提供了一个有效工具,并为深入理解糖基化的影响因素提供有效信息。考虑到我们模型的公共可获得性,我们提供了一个可下载的程序供人们来预测糖基化位点。
语种: 中文
内容类型: 学位论文
URI标识: http://cas-ir.dicp.ac.cn/handle/321008/116765
Appears in Collections:中国科学院大连化学物理研究所_学位论文

Files in This Item:

There are no files associated with this item.


Recommended Citation:
周坤. 糖苷酶与糖基转移酶催化转糖反应的特征与机理研究[D]. 中国科学院研究生院. 2013.
Service
 Recommend this item
 Sava as my favorate item
 Show this item's statistics
 Export Endnote File
Google Scholar
 Similar articles in Google Scholar
 [周坤]'s Articles
CSDL cross search
 Similar articles in CSDL Cross Search
 [周坤]‘s Articles
Related Copyright Policies
Null
Social Bookmarking
  Add to CiteULike  Add to Connotea  Add to Del.icio.us  Add to Digg  Add to Reddit 
所有评论 (0)
暂无评论
 
评注功能仅针对注册用户开放,请您登录
您对该条目有什么异议,请填写以下表单,管理员会尽快联系您。
内 容:
Email:  *
单位:
验证码:   刷新
您在IR的使用过程中有什么好的想法或者建议可以反馈给我们。
标 题:
 *
内 容:
Email:  *
验证码:   刷新

Items in IR are protected by copyright, with all rights reserved, unless otherwise indicated.

 

 

Valid XHTML 1.0!
Powered by CSpace