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学科主题分析化学
膜蛋白质组样品预处理及分离鉴定新技术新方法研究
赵群
2014-05-05
导师张玉奎 ; 张丽华
专业分析化学
授予单位中国科学院研究生院
学位博士
英文摘要针对膜蛋白质溶解难的问题,建立了基于C12 Im-Cl增溶的膜蛋白质组样品预处理方法。和文献报道的SDS辅助方法比较,该方法具有更强的溶解能力和更高的蛋白酶活性兼容性;可将鉴定到的整合膜蛋白质和跨膜肽段的数目分别提高40%和250%。针对膜蛋白质酶解产物分离效率低的问题,发展了基于C8固定相的分离方法。提高了对膜蛋白酶解产物的分离效率。和常用的C18固定相相比,可将疏水性肽段和整合膜蛋白质的鉴定能力分别提高了29%和20%。为实现膜蛋白质组表达谱的深度解析,发展了基于尿素和C12 Im-Cl溶解的膜蛋白顺序提取法,并结合基于C8柱的膜蛋白质组分离方法,实现了对Hela细胞膜蛋白质组表达谱的深度分析,共鉴定到对应10,572个基因的12,235个非冗余的蛋白质,其中膜蛋白质为3,722个。这是目前为止关于Hela细胞最为全面的蛋白质组和膜蛋白质组表达谱数据集。针对微量膜蛋白质组样品定性和定量分析困难的问题,发展了基于“SCX-SAX”双相柱微反应器的微量样品预处理方法。通过柱上原位操作、甲酸溶解与胰蛋白酶酶解的兼容和快速酶解,将50 ng鼠脑膜蛋白质组样品预处理的时间缩短为离线的1/4;鉴定到的跨膜蛋白质和疏水性肽段分别提高了5.4倍和5.8倍。对30,000个经SILAC标记的 Hela细胞的分析结果表明,较离线方法,定量的准确度和精密度分别提高了80%和230%。
语种中文
文献类型学位论文
条目标识符http://cas-ir.dicp.ac.cn/handle/321008/119861
专题中国科学院大连化学物理研究所
推荐引用方式
GB/T 7714
赵群. 膜蛋白质组样品预处理及分离鉴定新技术新方法研究[D]. 中国科学院研究生院,2014.
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