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DICP OpenIR  > 中国科学院大连化学物理研究所  > 学位论文
学科主题: 分析化学
题名: 基于质谱分析的蛋白质组定量新算法研究
作者: 吴琪
答辩日期: 2014-07-14
导师: 张丽华 ;  张玉奎
专业: 分析化学
授予单位: 中国科学院研究生院
学位: 博士
摘要: 蛋白质组定量对于研究生命活动的载体-蛋白质的含量及变化规律起着重要作用,如何处理分析质谱数据获得高准确度和高精密度的定量结果成为研究的热点和难点。发展了两种以加和的二级谱碎片离子强度SMT和SI为初始质谱表征量,以蛋白长度L为校正因子,并引入归一化方法的无标记相对定量算法NSMT和NSI。NSMT算法具有更高的相对定量准确度而NSI算法具有更高的检测灵敏度。发展了专门针对肽段末端等重标记策略的基于成对碎片离子的个数以及这些碎片离子的强度占总强度的比例,能够同时对蛋白进行定性和定量的成对离子打分(PISA)算法。该算法与现有的搜库算法Mascot和Morpheus相比能大幅提高鉴定数量。同时该算法可以从每幅二级谱中至少多对成对的碎片离子用于定量,定量覆盖度达到100%,提高了定量的准确度和精密度。发展了机器学习和二级谱碎片离子强度相结合的无标记绝对定量新算法APEX-SMT,提高了绝对定量的准确度。该算法也适用于相对定量,所以APEX-SMT可以作为APEX的替代用于蛋白质组定量分析。尝试了引入基于分类思想的机器学习方法来校正肽段的一级谱峰面积,和引入基于误差反向传播神经网络的非线性拟合方法,以期找到肽段性质和其一级谱峰面积之间的非线性函数关系。
语种: 中文
内容类型: 学位论文
URI标识: http://cas-ir.dicp.ac.cn/handle/321008/119871
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吴琪. 基于质谱分析的蛋白质组定量新算法研究[D]. 中国科学院研究生院. 2014.
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