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学科主题分析化学
多重二甲基稳定同位素标记的蛋白质组学定量分析新方法研究
吴越
2014-05-16
导师邹汉法 ; 王方军
专业分析化学
授予单位中国科学院研究生院
学位硕士
英文摘要定量蛋白质组学是蛋白质组学研究的重要方向。建立高通量、高准确性的蛋白质组定量方法对揭示不同生理病理状态下生物体蛋白质及其翻译后修饰的表达量差异具有重要意义。质量差异稳定同位素标记是蛋白质组相对定量分析中最常用的方法。近-来,二甲基稳定同位素标记因其标记效率高、定量准确、操作简单、应用范围广泛等特点,已经发展成为定量蛋白质组学研究的重要手段。本论文工作致力于发展高通量多重二甲基同位素标记新方法,并考察蛋白质组定量分析中的蛋白质酶解效率对定量结果准确性的影响。常规二甲基同位素标记方法在一次实验中最多只能对三个蛋白质样品分别进行质量差异同位素标记并同时进行液质联用定量分析,不能满足对大样本量蛋白质样品进行高通量对比定量分析的需求。本论文工作在不改变标记效率和定量准确性的基础上首次将其拓展至五个蛋白质样品的同时分析,显著提高了二甲基同位素标记蛋白质组定量分析的通量。本工作中使用Lys-C蛋白酶进行蛋白质酶解,使得每条酶解多肽同时具有N端和赖氨酸侧链上的两个伯胺基团可进行二甲基化反应。从而在质量差异同位素标记中肽段的不同标记形式间至少具有4 Da的分子量差异,确保了来自不同样品同位素峰的识别及最终定量准确性。该五重二甲基同位素标记策略被成功应用于蛋白质组和磷酸化蛋白质组高通量、高准确性对比定量分析。蛋白质酶解是所有基于多肽分析的蛋白质组学技术的第一步,其酶解效率对蛋白质组定性定量分析的准确性至关重要。在不完全酶解的蛋白质样品中,可能存在的部分酶解肽段产物的数目及含量具有较大的不确定性,可能会对蛋白质组定量分析的准确性产生较大影响。因此,本论文工作考察了不充分酶解或被污染物干扰的蛋白质部分酶解对同位素标记蛋白质组相对定量准确性的影响。我们的结果表明蛋白质酶解时间、样品中尿素和变性剂浓度以及起始样品量对于大规模蛋白质组定量分析的准确性具有较大的影响。
语种中文
文献类型学位论文
条目标识符http://cas-ir.dicp.ac.cn/handle/321008/119934
专题中国科学院大连化学物理研究所
推荐引用方式
GB/T 7714
吴越. 多重二甲基稳定同位素标记的蛋白质组学定量分析新方法研究[D]. 中国科学院研究生院,2014.
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