DICP OpenIR
Subject Area分析化学
蛋白质组学定量及糖基化修饰数据处理系统发展及应用
程凯
2015-03-27
Thesis Advisor叶明亮 ; 邹汉法
Degree Discipline分析化学
Degree Grantor大连化学物理研究所
Place of Conferral大连化学物理研究所
Subtype博士
Abstract本论文首先开发了定量软件平台,用于稳定同位素标记定量技术的数据分析。除了常规的标记方法以外,软件还支持一种自行开发的六重标记策略。这种高通量定量技术被用于蛋白质周转代谢的研究,最终得到了1365个蛋白质的周转代谢常数。本论文还发展了一种自动化的用于蛋白质N-糖基化位点及完整糖链结构鉴定的软件平台,可以从复杂样品中高通量高可信度的鉴定完整糖肽结构。通过对HEK293T细胞样品的分析,共鉴定到2249条非冗余的完整糖肽,这是目前最大的N-糖基化完整糖肽研究的数据集。本论文还发展了一种O-糖基化修饰肽段的鉴定方法,用于O-糖基化位点微不均一性的研究。该方法使用一种计算机模拟去糖基化的策略对完整糖肽的谱图进行分析,通过不设定可变修饰的方法识别糖肽谱图,实现了对11种不同糖型的同时鉴定。在对人血清样品的鉴定中,共得到了385个O-糖基化位点以及878个位点特异性的O-糖基化修饰,这是目前为止最大的O-糖基化结构鉴定数据集。本论文还开发了一种针对完整N-糖肽的定量软件平台,填补了目前所有的定量软件不适用于完整N-糖肽定量的空缺。最终在对正常和肝癌人血清样品的分析中定量到354条完整糖肽,首次得到了对复杂样品的大规模完整N-糖肽定量分析结果,证明了我们的软件在生物标记物初期筛选的潜在应用价值。
Document Type学位论文
Identifierhttp://cas-ir.dicp.ac.cn/handle/321008/143301
Collection中国科学院大连化学物理研究所
Affiliation大连化学物理研究所
Recommended Citation
GB/T 7714
程凯. 蛋白质组学定量及糖基化修饰数据处理系统发展及应用[D]. 大连化学物理研究所. 大连化学物理研究所,2015.
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